Software und Services im Geschäftsfeld Bioinformatik

SCAIView ist eine Knowledge-Discovery-Software für die Life Sciences. Sie erlaubt das schnelle Auffinden aggregierter Informationen aus großen Textmengen. Dazu integriert SCAIView die Information semantischer Tagger wie PROMiner, Sherpa oder LLM mit den dazugehörigen Texten und erlaubt eine semantische Suche und die schnelle Auswertung riesiger Korpora.

Mit der Software AData(Viewer) lässt sich die Datenlandschaft zur Alzheimer-Krankheit (AD) erforschen. Es gibt eine Vielzahl von Forschungsvorhaben und klinischen Studien AD. Mit dem ADataViewer kann man diese AD-Datenlandschaft erkunden und Kohortendatensätze identifizieren, die spezifischen Forschungsanforderungen.

SAM ist ein Service, der eine föderierte Abfrage von Terminologie-Servern, wie den Ontology Lookup Service (OLS) des European Bioinformatics Institute (EBI) in England, erlaubt. Es ist möglich, Ergebnisse unterschiedlicher Terminologie-Services zu kombinieren und zu harmonisieren. Gegeben ein Konzept: In welchen Ontologien/Terminologien wird dieses verwendet, welche Definition wird gegeben und welche Synonyme sind bekannt?

Der Fraunhofer SCAI Graph Storeist ein Repository für Wissensgraphen, die mit der Software e(BE:L) erstellt wurden. Er dient dazu, um in der Biological Expression Language (BEL) erstellte Dateien zu parsen und zu validieren – und um aus den manuell kuratierten Aussagen darin Netzwerke zu generieren. Mit dem BEL Query Language Tool lassen sich einfache Anfragen erstellen, ohne besondere Kenntnisse in Graph-Anfragesprachen (wie Cypher) zu benötigen.

Das spezielle grafische Tool dient dazu, unerwünschter Wirkungen im Zusammenhang mit experimentellen Daten, die bei der Prüfung potenziell toxikologischer Wirkstoffe gesammelt wurden, zu erforschen. Das Tool ist im ZET-O-MAP-Projekt der europäischen Long-Range Research Initiative (LRI) entstanden. ZET-O-MAP zielt darauf ab, bessere Instrumente zur Identifizierung teratogener Verbindungen zu entwickeln. Eines der vielversprechenden Assays ist das Zebrafisch-Embryo-Teratogenitäts-Assay (ZETA). Um die Akzeptanz des ZETA für regulatorische Zwecke zu fördern, ist ein besseres mechanistisches Verständnis der Morphogenese in Zebrafischembryonen erforderlich.